公司无故扣底薪不合法。依据《劳动法》，单位仅能代扣合法项目，如个税、社保等，无故扣底薪侵犯了员工权益。长期不处理可能导致员工生活困难，甚至引发劳动纠纷。
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公司扣底薪不合法。处理操作：1. 与公司沟通，要求解释扣薪原因并提供依据；2. 若沟通无果，收集证据，如工资条、合同等，向劳动监察部门投诉；3. 若投诉未解决，可申请劳动仲裁，提交证据，维护自身权益。
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公司扣底薪的处理方式有协商、投诉、仲裁等。应先尝试与用人单位协商，协商无果可向劳动监察部门投诉，必要时可申请劳动仲裁，根据具体情况选择最合适的方式。