二级主任科员退休待遇一般不按正科级别直接计算。分析：公务员的退休待遇是根据其职务、级别、工作年限以及国家相关政策综合确定的。二级主任科员虽然与正科级在行政层级上相近，但具体的退休待遇计算还需考虑其他因素，如个人工资基数、养老保险缴纳情况等。因此，不能简单地将二级主任科员的退休待遇等同于正科级别。提醒：若退休待遇与预期有较大出入，或存在不明确、不公平的情况，可能表明问题比较严重，应及时咨询专业人士或相关部门进行核实和申诉。
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具体操作：1.咨询单位人事部门：向所在单位的人事部门详细了解退休待遇的计算方式和标准，以及个人在退休待遇中的具体权益。2.查阅政策文件：通过政府官方网站、图书馆等途径查阅国家关于公务员退休待遇的相关政策文件，确保自己对政策有准确的理解。3.对比个人情况：将政策文件与个人实际情况进行对比，分析自己的退休待遇是否合理，是否存在被克扣或误解的情况。4.寻求法律援助：若发现退休待遇存在问题，且单位或相关部门未能给予合理解释或处理，可以考虑寻求法律援助，通过律师或法律援助机构帮助自己维护合法权益。在法律援助过程中，应提供完整的个人资料和证据材料，以便律师或法律援助机构能够更好地为自己服务。
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处理方式：从法律角度看，处理二级主任科员退休待遇问题的方式主要有咨询相关部门、查阅政策文件以及寻求法律援助等。选择建议：首先，可以尝试咨询所在单位的人事部门或上级主管部门，了解具体的退休待遇计算方式和标准；其次，可以查阅国家关于公务员退休待遇的相关政策文件，确保自己的权益不受侵害；若遇到复杂或争议较大的问题，可以考虑寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。